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Microb Cell Fact | 遵义医科大学冯昆团队揭示无柄灵芝培养物产生灵芝酸的机制

发布时间：2024-07-25

三萜类化合物已信息显示出多的生物技术抗逆性，具有抗淋巴肿瘤和身体毒效应。常常，三萜是在甲羟戊酸有效途径获得的，并从非人工蕨类植物和真菌孢子中添加。遵义医科大学冯昆团队在Microb Cell Fact（IF=6.4）上收录了一篇“Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile”的的分析本文。该的分析出现三萜类有机化合物野生灵芝粉酸（GA）是能够液态体激发的无柄野生灵芝粉菌丝体中二萜15,16-二氢丹参酮I（DHT）的菌物转换成呈现的。完成转录组和血清质组学水平进一歩探寻无柄虫草菌丝体中DHT呈现两类虫草酸（GA）的机制化，并表明几组学水平加测到的区别基因组和区别血清，得出DHT 菌物获得 GA 的路经。拜谱生物提供了转录组测序和TMT定量蛋白质组学技术，为研究二萜生物转化为三萜提供了丰富的组学信息和候选基因。

文章名称：Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile（Microb Cell Fact，IF=6.4，2023.7）

客户单位：遵义医科大学

研究材料：无柄灵芝真菌菌丝体

拜谱提供技术：转录组测序、TMT定量蛋白质组学

研究结果

1.转录成分析和功用分类整理

使用对无柄灵芝粉白色念珠菌菌丝体进行转录组测序共达到67230个转录本和14299个单遗传遗传基因遗传。在这单遗传遗传基因遗传中，49俩个被检验为对比分享形容遗传遗传基因遗传（DEGs），中间213个形容调整，279个形容下降（图1A）。GO生物制品生物含有分享后，DEGs构成生物制品的的时候（BP）、神经细胞膜材质（CC）和原子核技能（MF）3类。在BP等级分类中，突然出现了前以下5个子等级分类：抗菌药拆解分泌的的时候，乙酸盐分泌的的时候和甲酸盐分泌的的时候 ;而在CC等级分类中，神经细胞膜外区、突触复合材料体、突触组成是前以下5个亚类。来说MF等级分类，甲酸脱氢酶（NAD）几丁质酶、防氧化恢复酶几丁质酶和酸氨（或酰胺）联系酶几丁质酶是前以下5个亚等级分类（图1B）。在DEGs的KEGG环路分享中，前30条生物制品生物含有度高达的环路中含27条归属分泌，中间甲烷气体分泌、乙醛酸盐和二羧酸盐分泌、丙酸盐分泌4g信号环路有效生物制品生物含有（图1D）。

图1|转录成分析和功能表分级

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

2. 蛋白质组定量分析和功能分类

实现对无柄灵芝粉病菌菌丝体采取核高球血清组学分折，共计确认了16,457种个性肽、2606种核高球血清和2588种定量介绍核高球血清。在阀值|FC|>1.2和p<0.05的挑选必要条件下，走过2606种核高球血清中，94种被亲子鉴定为不一致性呈现核球血清（DEPs），在这中间52种调涨，42种变动（图2A），图2C提示了不一致性呈现核球血清的聚类算法分折热图。从GO分折看到，BP类型提示，大部分数DEPs参与到乙酸盐基础分解转化具体步骤、四环素拆分基础分解转化具体步骤和药剂拆分基础分解转化具体步骤。CC类DEPs在内部外区、过被金属脱色物酶体和微体中占比例图较高，被脱色回归酶渗透性酶和甲酸脱氢酶（NAD）渗透性酶在MF类中DEPs的比例图较高（图2B）。与转录组最终结果类似，KEGG走势环路分折提示，非常多DEPs在基础分解转化中丰度，在这中间3条最丰度的条件是光合怪物体中的碳规定、碳基础分解转化和MAPK走势走势环路（图2D）。除此以外，实现分折GO数据信息库的CC对DEPs采取亚内部地位分折和参考文献标注（图2E），DEPs重要分布图制作在内部质（40.66%）、内部膜（17.58%）、线粒体（12.09%）和内质网（8.79%），说法上是GAs怪物体组成的重要地段。

图2|球核苷酸组的降钙素原检测数据分析和性能校验

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

3.转录组和蛋白质组数据相关性分析，RT-qPCR验证

谋生物转换和相较比较组得票率DEGs和DEPs加工了维恩图，有20个一定的差异表明什么是基因遗传组（图3A）。对转录组和高血清酶质组中E组和C组共得的DEGs/DEPs开展聚类具体深入分析具体深入分析，表明mRNA和高血清酶质范围内有16个调整什么是基因遗传组和6个调整什么是基因遗传组，DEGs和它的翻译工作的DEPs表明程度呈正一些，立于Pearson的一些弹性系数具体深入分析，在转录组和高血清酶质组范围内在线检测到相对性较高的一些性（R = 0.87）（图3C）。实时荧光定量PCR（RT-qPCR）检查结局提示，E组和C组13个DEGs的抒发的水平不同之处偏态，这当中9个为上涨DEGs，1个为上涨DEGs（图3D）。DEGs在RT-qPCR中的抒发未来趋势与转录混合物析结局相同。

图3|球蛋白质含量组的降钙素原检测剖析和作用查证

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

拜谱小结

综上所述，该研究结果为真菌对天然产物的生物转化提供了新的见解，这将有助于开发更有效、更经济的方法，以方便的方式获得稀有的三萜。拜谱生物提供了转录组测序、TMT定量蛋白质组学转录组学技术，拜谱生物可提供完善成熟的转录组学、蛋白组学、代谢组学以及多组学联合产品技术服务体系。此外，拜谱生物推出的中药代谢组整体解决方案，基于更丰富、更专业的中药数据库，更高的数据质量、更优质的服务，可进行中药成分分析、中药入血/组织分析、网络药理学等分析，助力客户探索中药前言研究，欢迎致电咨询！

参考文献：Wang X, Wu H, Wong KH, Wang Y, Chen B, Feng K. Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile. Microb Cell Fact. 2023 Jul 28;22(1):139. doi: 10.1186/s12934-023-02156-5.

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